一、光復初期，政府沿襲日據時期理番的機構及模式，將原住民業務交由警政單位接辦。
二、台灣地區行政區劃後桃園置縣，民國41年成立桃園縣政府並設置山地室辦理山地業務，其後隨縣政府組織調整及業務重新檢討，將原住民事務劃歸民政局山地課掌理。
三、行政院原住民委員會、台灣省政府原住民事務委員會先後成立，為利原住民事務之推展暨聯繫，本府於民國85年8月1日將山地課更名為原住民行政課，仍隸屬民政局。
四、民國88年地方制度法頒布後，桃園縣議會89年5月定期會通過桃園縣政府組織自治條例，本府於89年11月6日將原住民行政課提升為桃園縣原住民行政局，成為全省第7個設置原住民行政局的地方政府。
五、配合桃園縣政府修正組織自治條例，將桃園縣原住民行政局改制為桃園縣政府原住民行政局，於民國90年10月28日生效。
六、民國97年1月16日配合地方制度法的修正，將桃園縣政府原住民行政局改為桃園縣政府原住民行政處，並將科別調整為文教輔導科及產業建設科。
七、民國100年升格準直轄市將本府原住民行政處改制為原住民行政局並將科別整為文教行政科、產業建設科及增設秘書室、人事室、會計室。
八、民國103年12月25日改制為桃園市。依據地方制度法第62條第5項規定，新設之直轄市政府組織規程，由行政院定之。行政院於103年9月25日以院臺綜字第1030051279號令核定發布「桃園市政府組織規程」，並經考試院於103年10月6日以考授銓法五字第1033892515號函同意備查，依桃園市政府組織規程第六條規定訂定「桃園市政府原住民行政局組織規程」。
九、104年3月11日因應原住民族基本法第二條對原住民族之定義及桃園市多元族群的文化，爰本府制定公布之桃園市政府組織自治條例第六條第一項第二十一款規定，將本局名稱變更為原住民族行政局。
十、106年7月1日因應原住民族部落之公共建設工程、飲水、基礎環境設施、安全防治、災防、災害復建與遷住、館舍及活動場興建與維護等工程業務需要，擬於一百零六年七月一日增設設施營造科，並將產業建設科更名為產業發展科。
十一、106年12月14日因應本局辦理原住民族保留地林業管理相關業務需要，規劃於現有員額內，減列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等技士一名改置科員，總編制員額維持四十七名。
十二、109年8月12日因應原住民族行政局辦理原住民族業務需要，增置薦任第八職等股長一人及委任第五職等或薦任第六職等至第七職等科員三人，總編制員額由現行四十七人修正為五十一人。
十三、112年6月1日為應業務需要，增列薦任第八職等股長二人，委任第五職等或薦任第六職等至第七職等科員二人及第四職等至第五職等助理員一人，編制員額總數由五十一人調整為五十六人。
十四、114年8月15日為因應政風業務推動需求，新增政風室設置政風主任１名。
十五、桃園市政府原住民族行政局歷任局處長：